venerdì 4 febbraio 2011

Chemsketch 12; continua la rassegna dei software liberamente utilizzabili

Ciao a tutti.
Continuo con la mia rassegna dei programmi "per chimici", studenti e non, che vogliono cimentarsi con il disegno delle formule di struttura 2D e... vedere il risultato in 3D, oltre a disegnare gli spettri NMR e, questa è la cosa più bella, far determinare dal software e vedere scritto il nome IUPAC della formula che si è disegnata ...

Inoltre si possono ottenere peso molecolare, composizione percentuale, formula bruta, indice di rifrazione, densità, tensione superficiale, ecc.

Si può far calcolare al computer un modello tridimensionale della molecola che può essere visto con il visualizzatore 3D interno di Chemsketch. Nella molecola 3d si può intervenire modificando lunghezze e angoli di legame, si possono anche modificare angoli di torsione e configurazioni R/S!

Inoltre la molecola 3D può essere salvata in formato mol (un formato analogo al pdb che è il formato universale per i modelli molecolari 3D) e quindi può essere visualizzata in altri programmi ottenendo delle ottime immagini dall'aspetto fotografico.
Per chi ha più necessità, è compreso anche un programma per tracciare spettri NMR simulati! Dovete specificare però quanti tipi di idrogeni, il chemical shift e le costanti di accopiamento J.

Come già successo in passato, anche questo programma è GRATIS,ma solo per uso accademico e con qualche limitazione:
  1. non assegna il nome a molecole contenti atomi diversi da C, O, N e H
  2. Si può anche generare il nome IUPAC della molecola se questa è composta da meno di 50 atomi.

Per tutto questo ben di Dio dobbiamo ringraziare la software house ACDLabs che produce anche altri applicativi di dignitosissimo interesse (vi invito a dare un'occhiata al loro sito).

Come al solito, vi fornisco anche un video tutorial esplicativo (in italiano):




ed un video che spiega come realizzare un acido nucleico (e che vi dà l'idea di cosa si possa fare):




Se siete interessati al programma, potete andare a questo link e cliccare sul tasto download, così da ottenere la vostra copia (limitata) per provare il programma.
Si aprirà una finestra che chiede una registrazione con una mail valida ed una password che sceglierete al momento (ricordatevi di prendere nota di entrambi).
Va da sé che quelli di voi che ritengono il software molto utile per i loro studi o per il loro lavoro, possono passare alle versioni complete o ad altri programmi dello stesso produttore, pagando il corrispettivo per la licenza scelta.


Vi ho dato solo una piccola prospettiva di tutto ciò che si può fare con il software... chi ci vuole "smanettare" troverà pane per i suoi denti.
Sperando di aver fatto cosa gradita, come al solito, auguro buono studio.
GAGiuliani

2 commenti:

Akire ha detto...

Ciao, il programma è fantastico, ma riesce anche a tracciare lo spettro Hnmr della molecola che ho disegnato?

Grazie

GianAchille Giuliani ha detto...

non credo che la versione di prova lasci molto spazio a tracciature degli spettri HNMR.
allo scopo esiste un software dedicato del quale trovi notizie a questo link ftp://ftp.tuebingen.mpg.de/pub/pub_joachim/ACD9/DOCS/HNMR.PDF

se ti serve un simulatore di spettri da utilizzare on line, puoi usare ChemDoodle che trovi qui http://web.chemdoodle.com/demos/simulate-nmr-and-ms
credo si possano fare solo un tot di spettri al giorno e ti consiglio di usare bene l'editor delle formule di struttura disegnando la corretta configurazione di eventuali centri chirali (trovi gli strumenti nell'apposita barra)
buono studio
GAGiuliani

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